بر اساس مصوبه این جلسه، وزارت امور اقتصادی و دارایی موظف است با همکاری وزارتخانه‌های کشور، راه و شهرسازی، صنعت، معدن و تجارت، جهاد کشاورزی، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، فرهنگ و ارشاد اسلامی، نفت و همچنین سازمان‌های ملی استاندارد و انرژی اتمی، تفاهم‌نامه‌هایی در سطح خدمات (SLA) برای تنظیم و ارتقای همکاری میان دستگاه‌های فعال در مرزهای کشور تدوین و اجرایی کند.

به موجب این تصمیم، گمرک ایران به‌عنوان نهاد اصلی مدیریت این طرح، مسئول هماهنگی بین دستگاه‌های اجرایی و نظارتی در مبادی مرزی کشور خواهد بود.

لازم به ذکر است، توافق‌نامه سطح خدمات (Service Level Agreement – SLA) سندی است که در آن سطح خدمات قابل ارائه، شاخص‌های ارزیابی کیفیت عملکرد و همچنین تعهدات و ضمانت‌های اجرایی طرفین مشخص می‌شود.

در پایانه‌های مرزی سه کارکرد اصلی پایش‌های گمرکی، پایش‌های حمل‌ونقلی و پایش‌های امنیتی، انتظامی مانند گذرنامه و… است.
در بحث مدیریت پایانه‌های مرزی در سال ۱۳۷۵ دولت تصمیم گرفت مکانیسم و ساختار مدیریتی برای پایانه‌های مرزی تعریف کند.

در شورای‌عالی اداری کشور مصوب شد وزارت راه و شهرسازی پایانه‌های مرزی را بسازد و مدیریت و هماهنگی بین دستگاه‌هایی که مأموریت‌های سازمانی دارند، مستقر کند. این موارد و هماهنگی‌ها در قالب شورایی تحت عنوان شورای ساماندهی مبادی ورودی و خروجی کشور شکل گرفت. این شورا به‌ریاست وزیر راه و شهرسازی ترابری وقت و حضور همه دستگاه‌ها و نهادهای موظف به ارائه خدمات در مرز است.
این روند تا سال ۱۳۹۲ ادامه داشت، از سال ۹۲ به بعد با تصویب قانون امور گمرکی و تفسیر از ماده ۲و ۱۲ این قانون، گمرک مدعی بود که مدیریت پایانه‌های مرزی به‌عهده آنهاست.
کارگروه ویژه مرز شورای امنیت ملی به‌عنوان مرجع تصمیم‌گیر، تصمیم گرفت در مقطعی مدیریت مرز را به گمرک واگذار کنند.
گفتنی است، نهایتاً پس از کش‌وقوس فراوان در سال ۹۹ ستاد تدابیر ویژه اقتصادی دولت مجدداً مدیریت پایانه‌های مرزی را به وزارت راه و شهرسازی واگذار کرد.
حالا با این دستور جدید رئیس جمهور به وزیر اقتصادبرای سامان دهی مساله مذکور، باید دید وضعیت مدیریت مرزها با کدام دستگاه خواهد بود.